磨刀不误砍柴工，文献管理软件这把刀确实是值得打磨的，选择Zotero而非其它文献管理工具，主要是看重了它的免费和可配置性，适合重度使用。 最新版 Zotero 7 在 Zotero 6 的基础上，进行了升级，包括非常多的优化，例如最基础的UI看着更漂亮了，等我把它的各种插件和配置都鼓捣好了，就更有动力（但愿吧）打开来看文献了。

网上关于Zotero有很多分享教程，但是绝大部分都是入门级的配置笔记，参考价值并不大，本文最主要的参考是Zotero非官方中文社区。

基础

本地安装

直接从官网下载 Zotero 7，然后傻瓜式安装即可，需要注意的是两个位置：

  • 首先是软件安装位置，可以使用自定义安装方式，挑一个合适的位置即可，例如D:\ProgramMain\Zotero7；
  • 然后是本地数据存储位置，默认是~/Zotero。

数据存储位置比较占地方，我想将其迁移到别的位置，例如E:\<user>\Documents\Zotero7，首先需要在设置中更改 

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编辑 -> 设置 -> 高级 -> 数据存储位置

将其更改为自定义的目标路径，然后根据提示进行操作：将软件关闭，将原文件夹中的所有内容手动剪切到新文件夹，然后重新打开软件。

建议对数据存储位置整个目录进行定期备份，否则会丢失目录信息，但是因为存在数据库文件，不要把整个文件夹塞到Onedrive中，否则小更改会频繁触发备份。

存储与同步

首先我们需要搞清楚的是，文献管理软件本质上有两类数据需要存储和同步：

  • 首先，文献的PDF文件，通常是直接从各种网站上下载得到，然后存储在Zotero的数据库中的；
  • 此外，对于这些文献在阅读过程中，也会产生一些附属数据，例如标签，笔记等；
  • 除此之外，还有一些争对Zotero自身和插件的配置数据。

Zotero 将这些分成了两部分：

  • 数据同步：这部分占比很小，注册并登陆Zotero账户之后，Zotero直接提供对这些数据的云存储；
  • 文件同步：这部分占比很大，Zotero并没有免费提供存储，我们通常借助于webdav同步，最常用的就是坚果云，它支持webdav服务。如果坚果云仅仅用来干这一件事的话，免费账户每个月1G的上传也差不多够用。

需要到坚果云中拿到一个webdav密钥（不是坚果云账户密码），然后 

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编辑 -> 设置 -> 同步 -> 文件同步

填写到对应位置即可，并且将webdav链接填好，然后可以点击按钮验证通过。可以将下载文件的时机从需要时改为同步时，省得打开文件时等待PDF的下载。

显示列和视图

每一个条目都有非常多的信息，除了最基本的标题、创建者、日期等，还有很多辅助信息，我们可以选择部分列显示，某些插件也会使用额外的列来提供信息。

最基本的信息就是条目的标题（必须）和作者了，Style插件允许我们自定义显示哪些作者，例如0:1,-1代表显示第一个和最后一个作者。

视图则是下文中的Style插件所提供的功能，允许我们保存几套列显示的配置，并且可以快速切换，例如：

  • 阅读视图：提供条目的阅读状态，包括状态、阅读时间、#标签、标注，简记等；
  • 期刊视图：提供条目对应的期刊信息，包括期刊名称，期刊等级和影响因子等；
  • 日期视图：提供条目的日期，包括期刊发布日期，条目添加日期，条目修改日期等；

除了这里的日期列，其它信息都需要下文中的Style插件提供，包括这些信息：

  • 阅读进度：使用热力图的形式展示阅读进度，直接显示在条目标题项中，颜色高的代表已经精读过的部分；（自动生成）
  • 状态：包括空值、unread、reading、done四种状态，实际底层是通过标签机制实现的，见下文；（状态切换目前需要手动进行，也可以依赖其它tag插件自动进行）
  • #标签：显示文字的特殊标签，要求以#开头，见下文；（手动）
  • 简记：针对当前条目的简短文字说明；（手动）
  • 阅读时间：使用进度条的形式展示阅读当前文献所花费的时间（自动生成）
  • 标注：使用热力图的形式展示标注内容在全文的位置（自动生成）

包括这几列信息的阅读视图如下

实践发现，阅读进度、阅读时间和标注信息全都没什么用，影响软件性能，可能导致卡顿，并且数据显示不及时，数据容易丢失，决定将其关闭。

包含期刊信息的期刊视图如下

包含日期信息的日期视图如下

标签机制

首先整理一下Zotero的标签机制，因为有很多插件在原版标签机制的基础上进行了扩展，显得比较混乱。

Zotero将标签分为两类：

  • 手动标签：顾名思义，用户手动添加的标签
  • 自动标签：在导入过程中，Zotero 自动尝试抓取某些PDF文件中的关键词和主题词作为标签

个人不太喜欢自动标签，因此选择将现有的自动标签全部关闭，并且把对应选项关闭 

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编辑 -> 设置 -> 杂项 -> 基于关键词和主题词自动为条目添加标签

我们只讨论手动标签的行为。

标签是如何显示的？Zotero的逻辑是这样的：

  • 可以通过手动添加的方式添加一个标签，然后它就会在左下角的标签窗口显示；
  • 可以为标签加上一个颜色（只能选择九种颜色之一，不同标签可以共用一个颜色，但是一个库只允许有九个标签有颜色）和权重（权重影响排序）

虽然没有颜色的标签也不影响使用，我们正常使用标签完成标注和筛选功能，但是有颜色的标签地位是不一样的：它会以对应颜色的圆点呈现在条目标题前面，如图

因为只有九个颜色，我们实际无法区分相同颜色的标签，至于普通标签，就更不会在这里显示了。

除此之外，Zotero对使用emoji开头的标签还提供了额外支持：直接显示emoji而非圆点，如图

需要注意的是：

  • 我们不需要为emoji标签添加颜色，即使添加了也不会在上面体现。
  • 如果一个emoji标签开头有多个emoji，这里也会同样显示多个emoji。

我们可以用emoji标签实现一些辅助功能，例如用不同数目的星星标签代表我们对条目的不同打分：

  • ⭐
  • ⭐⭐
  • ⭐⭐⭐

下面的Style插件就帮我们实现了这个评价功能，并且为其添加了一些辅助设施，原理就是这里的emoji标签。我觉得这个功能没啥用，就禁用了。

需要注意的是，将标签放在条目标题头部的做法其实是Zotero 7的新功能（个人感觉比较突兀），在Zotero 6中的标签是作为单独一列呈现的，但是也只能呈现各种颜色的小圆点或emoji，不支持显示文字；下文中的Style插件提供了将标签拆分为单独一列的功能，可以保持和Zotero 6一样的效果 

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标题 -> 列设置（标题） -> tags

由于Zotero的标签机制很鸡肋，Style插件引入了#标签的概念，它会解析条目的标签数据，提供了一个新列展示所有以#开头的标签的文字。 例如添加内容为#test和#重要的标签，由于我们没有添加颜色，并且没有使用emoji开头，这种标签不会在标题开头显示，效果如图

这里的颜色只是Style插件提供的默认颜色。如果我们给#标签加上颜色，那么它既会在标题开头显示，也会在单独的#标题列中显示，效果如图

从实现角度来说，#标签实际就是采用了一个正则匹配/^#(?:.+/)*(.+)/来选择获取#开头的那些标签并进行显示。

除此之外，Style还利用标签机制实现了状态功能，包括：

  • unread
  • reading
  • done

这三种状态其实是通过/unread，/reading和/done这三个特殊标签实现的，测试发现我们可以改动这几个标签的颜色，但是不能移除颜色，否则功能失效。（使用/开头的标签通常有特殊用途，例如被第三方插件用于定制功能）

创建参考文献

对于选中的文献右键，Zotero原生提供了创建参考文献的选项：在右键菜单中选择创建参考文献表，会弹出如下的窗口

在这个面板中可以选择：

  • 参考文献的样式和语言
  • 在脚注和尾注中切换（测试发现，至少对于默认的样式，选择脚注或尾注得到的都是一样的结果，可能需要定制样式才会体现出区别）
  • 在笔记和参考文献两种模式切换
  • 选择不同的输出方式，默认复制到剪切板即可

在笔记模式下，会将如下形式的字符串复制到剪切板中 

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Chaturantabut and Sorensen, “Nonlinear Model Reduction via Discrete Empirical Interpolation.”

在参考文献模式，会将如下形式的字符串复制到剪切板中 

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Chaturantabut, Saifon, and Danny C. Sorensen. “Nonlinear Model Reduction via Discrete Empirical Interpolation.” SIAM Journal on Scientific Computing 32, no. 5 (January 2010): 2737–64. https://doi.org/10.1137/090766498.

直接选中多个文献，这里的复制内容是每一个文献的内容拼接得到的，对于笔记模式使用分号分隔，对于参考文献模式则使用换行符分隔。

显然这种方式是一种非常简单粗暴的导出参考文献的方式，可能适合用于一些非正式的笔记或文档中，非常不适合正式的论文中的文献管理， 对于使用LaTeX写论文的情况，这个功能是完全没有用的。

导出条目

对于选中的文献右键，Zotero原生提供了导出文献的选项：在右键菜单中选择导出条目，会弹出如下的窗口

在这个面板中可以选择不同的导出格式，这里只关注 BibTeX 格式和 BibLaTeX 格式。（Better BibTeX插件会在这里添加 Better BibTeX 格式和 Better BibLaTeX 格式，导出的内容基本一致，但是允许更灵活的配置）

对于某些格式，在面板下面会附加一些选项，例如包含笔记，包含文件和文件的注释等，这些选项不需要勾选（尤其是导出笔记这个选项，它的行为非常离谱，因为它把笔记的内容也塞到 .bib 文件中），直接导出即可。 最后会弹出文件浏览器的窗口，根据前面的选择创建.bib文件或文件夹。

这个导出功能对于操作大批量的文献比较实用，因为可以自动创建一个 .bib 文件，但是对于一两个条目的导出其实非常不太方便，我们显然更希望的是直接将条目的.bib信息复制到剪切板，而非创建一个单独的文件。

快速复制

Zotero支持快速复制机制：

  • 对选中的条目使用ctrl+shift+c可以直接将对应的信息复制到剪切板；
  • 直接将条目拖动到编辑器中，就可以直接将对应的信息进行粘贴。

设置方式如下 

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Setting -> Export -> Quick Copy

选择一个格式即可。例如选择 Bibtex 格式，自动获取的就是 Bibtex 格式的信息，可以直接快速复制，然后粘贴到 .bib 文件中。 如果选择默认的格式，行为类似于前面的创建参考文献（参考文献模式）并复制到剪贴板。

RSS订阅

大部分期刊都提供了RSS订阅链接，Zotero可以订阅RSS，虽然不能直接下载PDF和生成条目（被反爬虫机制拦截），但是至少会给出最新的文献列表，点击就会跳转到对应网址。

插件安装

Zotero 有非常多的第三方插件，主要就是写一些前端的代码，调用一些第三方接口，或者实现一些辅助功能之类的，插件本体是一个.xpi后缀的小文件。

我们可以从 github 上对应的插件项目中下载对应的 .xpi 文件，然后 

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工具 -> 插件 -> （齿轮）-> 从文件中导入插件

导入新的插件之后，通常需要重启整个软件才能生效。

因为从 Zotero 6 到 Zotero 7 改动了很多代码，第三方插件通常无法跨版本兼容，只能支持某一个版本，在下载安装时需要注意。

目前的现状是：有的第三方插件分别提供6和7的版本，有的只支持7，有的只支持6并且放弃支持7，因为主要功能已经被官方实现了，例如导入文件时的自动重命名插件。

主要插件

Zotero有丰富的第三方插件，可以提供各种扩展功能。

第三方插件整体上说还是不太行，虽然花里胡哨的功能看起来挺好，但是在实际使用中的性能和稳定性都很差。

插件市场 addons

Zotero并不像vscode那样有一个官方的插件平台，这个第三方插件提供了插件市场的功能，包括了各种最主流的插件。

翻译插件 pdf-translate

这个功能非常重要，安装和配置比较简单，下载了就可以直接使用。

“万金油”插件 style

zotero-style 是一个非常复杂，功能很多的插件，给 Zotero 提供了很多各种各样的功能，并且对UI进行了一些美化，是一个绝对的万金油插件。这个插件的很多功能已经在前文中介绍了，但是还有很多实用功能没有提到。

Style插件的定制化程度非常高，比如各种颜色和样式都可以自行修改。

值得注意的是，Style插件提供的获取条目对应的期刊信息（期刊等级，影响因子等）的功能，是基于easyscholar平台提供的免费接口实现的， 我们需要先去注册一个账号，然后拿到对应的密钥，将其填入Zotero的配置信息中：首先打开下面的页面 

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编辑 -> 设置 -> 高级 -> 编辑器

然后搜索easyscholar，在对应的条目中输入密钥保存即可。

除了Style插件，其它插件例如 greenfrog 也提供了类似的功能，原理都是一样的，都需要填写easyscholar提供的密码。

虽然Style功能丰富，但是有些功能确实花里胡哨，非常不实用，开启的功能太多会造成卡顿，而且各种花里胡哨的功能并不稳定，可以在配置中禁用部分不需要的功能 

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编辑 -> 设置 -> Style

手动关闭关闭不需要的项即可。目前只开启了如下功能：

  • Tags·标签
  • #Tags #标签
  • Crator 作者列（手动修改为获取第一作者和最后一个作者，当然如果只有一个作者这里会重复，不过非常少见）
  • IF 影响因子
  • Publication 文献列
  • Publication Tags 文献标签列
  • Collection Item Count 在左侧边栏显示总的条目数
  • View Manager 视图管理
  • Dark Light Button 黑白按钮
  • PDF Styles PDF阅读背景色
  • Toggle Sidebar 快捷键 Alt+[ Alt+]
  • TLDR

中文支持 jasminum

这个著名的Zotero插件有一个中文名：茉莉花，它主要是为中文文献的使用提供支持，例如读取PDF中的中文元数据，获取知网上的信息等。

条目合并 zoplicate

Zotero对于文献库中的重复条目提供了检测和合并机制的，但是看起来不太令人满意，这个第三方插件对这部分功能进行了增强。（虽然没怎么用过，先安装了再说）

参考文献 zotero-reference

这个插件在PDF阅读过程中，可以自动检测文献中的参考文献并获取对应数据，看起来很方便。（和上面的zotero-style是同一个作者）

更好的BibTeX better-bibtex

Zotero自身提供了以Bibtex格式和Biblatex格式导出参考文献信息， 这个插件对这部分功能进行了一些增强，但是这部分的格式细节实在太复杂了，而且相关的教程文档比较匮乏，使用并不容易。

这个插件在Zotero原有的导出菜单中添加了 Better BibTeX 和 Better Biblatex 两个格式，只需要点击这两个子菜单即可完成导出，不需要自己去配置。此外，这个插件在右键菜单中也加上了单独的子菜单，可以更方便地进行操作。

记录一下目前的配置：首先是快速导出一个文献的bib信息，在下面进行设置 

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Setting -> Export -> Quick Copy

选择 Better BibTeX，对于选中的一个或多个条目直接使用ctrl+shift+c就可以复制对应的bib信息。

然后是引用名（citation key）的生成规则，LaTeX实际只要求引用名是唯一的即可。 这个插件其实有一套机制，希望尽量保证引用名的唯一性，但是我并不关注这些，因为出现重复引用名比较罕见，而且latex编译时会自动警告的。

需要注意的是，在不同的环境下导出key的规则并没有被明确规定，习惯上大家都会使用作者名称，年份，标题这些信息来生成一个重复率低的短字符串，仅此而已，具体的规则细节并不统一，例如对于同一个文献，Zotero默认导出的引用名和谷歌学术导出的引用名就不一样，

目前我在配置中使用下面的规则 

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auth.lower + year + veryshorttitle(1.0).lower

也就是第一个作者的last name，年份，再加上标题的第一个单词，全小写，例如klein2024entropy。

最后，Zotero直接导出的.bib文件最大的问题其实是有很多乱七八糟的信息，很多都是不需要的，通过Better BibTeX插件可以过滤掉一些无用的项 

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file,eprint,eprinttype,eprintclass,abstract,keywords,langid,primaryclass,month,date,urldate,annotation

这里是根据导出的内容进行调整的，把不需要的条目加上去，再次导出就不会出现那些无用的项了。

BibTeX格式和BibLaTeX格式略有区别，后者支持更丰富的字段，但是前者的兼容性更好，因此主要使用BibTeX格式。

笔记插件 better-notes

Zotero自身提供了简单的markdown笔记支持，这个插件对这部分功能进行了增强。

Zotero自动生成的文献阅读笔记模板真香啊，马上从网上抄了几份模板，进行了一些修改，得到了较适合自己的一份文献阅读笔记模板，完整模板存放在Gist上：Simple Zotero Note。

效果如图

实际体验后，发现这个插件并不适合我：

  • Zotero内置的markdown编辑器本身就不好用，完全比不了VSCode和Typora的编辑体验，而且markdown相比于latex也是不够的。
  • 在Zotero中使用笔记也不便于笔记的管理和备份等。

因此决定不再使用这个插件。

快捷操作

  • 当焦点在某个条目时，使用ctrl可以高亮它所属的分类，可能同时属于多个分类。

  • 条目移动：

    • 直接拖动条目到目标分类，条目会被添加到目标分类中，但是原本所属分类仍然保留；
    • 按住shift再拖动，则自动将条目从原本所属分类中移除。

补充

Zotero自带对于笔记的英文语法检查，但是字典不太行，很多误报错的红色下划线看起来很烦，可以在高级配置编辑器中禁用语法检查：搜索下面的条目 

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extensions.spellcheck.inline.max-misspellings

将值从500改为0，然后重启即可。